Costruita nel secolo XIII in stile neoclassico, inglobando la più antica chiesa di San Matteo, fu completamente trasformata nel 1796 su disegno dell’architetto Andrea Vici e portata a compimento a metà dell’Ottocento. A destra, sul secondo altare un’urna contiene il corpo della beata Angelina da Montegiove (1357-1436 ca.) fondatrice del monastero di Sant’Anna e una tela di Giuseppe Cades raffigura la Visione avuta dalla beata, sul terzo altare si trova l’urna con i resti dei beati francescani Filippo e Giacomo trucidati a Bevagna nel 1377. A sinistra, sul secondo altare un’urna contenente il corpo di santa Angela da Foligno (1248-1309) e una tela di Gaetano Gandolfi con la rappresentazione della stessa beata. Sull’altare maggiore San Francesco riceve le stigmate, dipinto di Pasquale Sarullo (1856). Nella cappella di San Matteo troviamo numerosi affreschi trecenteschi con raffigurazioni di santi. Nella sacrestia la Beata Angela, un simulacro-reliquiario ligneo del XVI secolo. Sopra il portale di accesso al chiostro seicentesco era posta una lunetta affrescata da Pierantonio Mezzastris del 1499 oggi custodita nel Museo della Città.
