La chiesa sorge accanto al vecchio ospedale, dove prima era il monastero medioevale dedicato proprio a San Giovanni Battista, prima utilizzato delle monache agostiniane di San Girolamo, poi dei padri girolamini della congregazione del Beato Pietro da Pisa (1492-1810). Il monastero fu successivamente venduto come bene nazionale, e acquistato da Ludovico Piermarini e per essere poi trasformato in ospedale civile attivo fino al 2006.
L’edificio ecclesiastico risale al XIII secolo, fu rinnovato più volte, soprattutto con l’aggiunta di altari che da sei divennero otto nel 1719-20.
Nel 1810, a causa delle soppressioni, l’edificio divenne proprietà privata e Ludovico Piermarini vi aprì una fabbrica di cera. Fortunatamente è oggi recuperato.
L’interno presenta un’unica navata con volte a botte. Ad oggi le decorazioni d’affresco che ornavano le pareti sono molto compromesse. Di rilievo sono gli affreschi quattro-cinquecenteschi con “Madonna in trono con Bambino, angeli, Sant’Antonio da Padova e santo vescovo” e “Crocifissione” opera di Bernardino e Pierantonio Mezzastris. Coeva la “Natività” dipinta da Feliciano de’ Nuti.
Nel catino absidale una “Incoronazione della Vergine” attribuita alla cerchia dei Nasini (Tommaso?).
Dietro l’altare settecentesco un Crocifisso ligneo seicentesco.