L’oratorio venne eretto dalla Compagnia della Misericordia, detta anche di San Giovanni decollato presso l’omonima chiesa oggi non più esistente. I lavori di edificazione terminarono negli anni 1649-1658. All’interno da segnalare la macchina d’altare della seconda metà del XVII secolo realizzata da Giuseppe Scaglia e indorata da Giovan Battista Laudizi. Al suo interno vi era inserita una grande tela raffigurante San Giovanni decollato oggi nel palazzo vescovile, mentre sulla cimasa ancora visibile in loco una piccola tela con la Madonna della Misericordia, opere entrambe di Giovan Battista Michelini. La tela rimossa è stata sostituita con un’altra di Carlo Botti. Nella lunetta sopra l’altare barocco un affresco con Cristo in gloria e angeli di Mariano Piervittori. Sul secondo altare a destra Madonna col Bambino e sant’Eligio opera del Michelini, mentre sul primo altare a sinistra l’Immacolata e le sante Rosa da Lima e Angela Merici attribuita a Gaetano Sortini. Di notevole fattura l’organo realizzato nel 1793 da Luigi Galligari.
